《云奇飛行日記（第二部）》主要講述云奇和一群新朋友一起在團團飛行學校發生的開心的事情和一些津津有味的故事。 云奇的夢想是做環繞世界一周的旅行飛行，截止目前團團機場還沒有一架飛機去過世界的各個機 場，云奇決定成為團團機場第一架環游世界的飛機，但是大家都認為作為小型機的云奇在沒有通過長距離和艱難航道的考試，環繞世界一周是不可能的，但是云奇認為他可以實現，云奇在為自己的環球飛行計劃進行緊張的籌備，并選擇在一天臺風來的那天，大家無暇顧及他的時候開始進行環繞世界一周的旅行……但是，就像我們想象的那樣，云奇被臺風影響，陷入墜機的危機中。通過迫降，云奇終于回到了團團機場，但是從那天之后，云奇被暫停禁止飛行。環繞世界一周的計劃失敗了，云奇很不開心。看到云奇這個樣子，團團機場的綜合控制塔妮妮和團團機場的朋友們都很擔心。最后團團機場的綜合控制塔妮妮和云奇提了一個特別的約定——進入“團團飛行學?！蹦軌蛲ㄟ^最后的考試！
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