南宋年間，通古縣前任縣令為了一己私利，利用“河神”為幌子暗中擄掠兒童，百姓惶惶不安，在其蠱惑下紛紛相信用孩童祭祀“河神”可以平息災禍。宋慈受命來到通古，向百姓一再申明祭祀河神純屬無稽之談，并保證一定會查出事情真相，他的到來使得老縣令感覺到了威脅。在老縣令的授意下，其黨羽對宋慈陽奉陰違，并暗中施以壓迫，企圖神不知鬼不覺的將宋慈了結。在一波接一波的危險降臨在宋慈身上時，孩童還在不斷失蹤，這使得老百姓對宋慈失去了信任，逼宋慈趕緊祭河神。宋慈頂著多方的壓力，抽絲剝繭地調查，利用自己高超的法醫學手段讓尸體“開口說話”，逐漸鎖定了真兇，并發現了背后的巨大陰謀。最終，宋慈不惜以性命相搏將真兇繩之以法。
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