小智（松本梨花 配音）帶著皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴們繼續前行在冒險的旅途之中。路上，一行人遇見了帶著神奇寶貝胡巴（釘宮理惠 配音）的少女麥亞麗（中川翔子 配音）。胡巴能夠制造出神奇的時空圓環，帶領大家在不同的地點來回穿梭。 地處沙漠腹地的城市迪賽魯西坦到了，曾經，在這里發生過一場聲勢浩大的神奇寶貝戰爭，亦是因為這場戰爭，這里才成為了干涸少水的沙漠。在這里，麥亞麗和哥哥巴爾扎（藤原龍也 配音）匯合了，讓大家沒有想到的是，巴爾扎竟然得到了封印著可怕神奇怪手的瓶子。在誤打誤撞之中，封印被解開了，那個曾經終結過迪賽魯西坦的可怕怪獸重見天日，而它的真實身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
高山南 山崎和佳奈 茶風林 緒方賢一 鹽澤兼人 神谷明 林原惠美 巖居由希子 高木涉 大谷育江 松井菜櫻子 田中信夫 堀川亮 松岡文雄 石冢運升 宮村優子 大塚周夫 依田英助 大塚芳忠 筱原惠美 宮本充 壤晴彥 中島聰彥 小山裕通 井上隆之 千葉一伸 布目貞雄 佐藤忍 藤田淑子 山口勝平
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